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Les absences injustifiées : Comment les traiter en paie ?

Les absences injustifiées ont un impact direct sur la gestion de la paie et la conformité sociale de l’entreprise. Avant toute retenue sur salaire, il est indispensable de qualifier correctement l’absence, de vérifier l’éventuelle régularisation par le salarié et d’appliquer les règles prévues par le Code du travail et la convention collective. Le traitement en paie repose sur le principe du service fait, avec une retenue proportionnelle au temps non travaillé, qui doit être clairement mentionnée sur le bulletin de paie. Cet article détaille les bonnes pratiques pour gérer les absences injustifiées en paie, sécuriser les calculs et limiter les risques de litiges.

Par Emeline
02 janvier 2026
4 min de lecture
Les absences injustifiées : Comment les traiter en paie ?

Les absences injustifiées : comment les traiter en paie ?


Dans toute entreprise, le traitement des absences injustifiées constitue une étape essentielle de la gestion de la paie. Une absence injustifiée se définit comme l’absence d’un salarié à son poste sans justification valable reconnue par la loi, une autorisation de l’employeur ou un justificatif légitime (certificat médical, congé prévu, autorisation exceptionnelle, etc.). Face à ce type d’absence, l’employeur doit suivre une démarche rigoureuse, tant pour respecter le droit du travail que pour assurer une paie conforme et limiter les risques de litige.

1. Vérification et qualification de l’absence


Avant toute action en paie, l’employeur doit vérifier précisément la nature de l’absence. Cette étape est capitale : une absence peut être injustifiée au premier abord, mais devenir justifiée ultérieurement si le salarié fournit un certificat médical, un document réglementaire ou un bon de délégation tardif. En conséquence, le gestionnaire de paie doit toujours s’assurer, au moment de préparer la paie, que l’absence n’a pas été régularisée ou requalifiée en absence justifiée.

À ce stade, la procédure interne prend tout son sens. L’employeur dispose généralement de plusieurs sources de preuve de présence ou d’absence : les pointages d’horaires, les feuilles de présence, les échanges avec le salarié, ou les attestations d’un supérieur hiérarchique. Ces éléments permettent de documenter l’absence et de justifier une éventuelle retenue sur salaire.

2. Information et mise en demeure du salarié


Avant de procéder à une retenue sur salaire, il est juridiquement recommandé (et parfois imposé par la convention collective ou la jurisprudence) d’informer le salarié de la qualification de son absence et de lui demander des explications. Cette communication peut se faire par courrier simple, email formel ou lettre recommandée avec accusé de réception et doit laisser au salarié la possibilité de régulariser sa situation. Une telle étape précède souvent une procédure disciplinaire éventuelle, mais elle est également utile pour réduire le risque de contestation devant le Conseil de prud’hommes.

3. Vérifier la convention collective applicable


Une fois l’absence qualifiée d’injustifiée, il est indispensable de consulter la convention collective applicable à l’entreprise. En France, de nombreuses conventions prévoient des modalités spécifiques d’indemnisation, de maintien de salaire, de calcul des retenues, voire de traitement des droits acquis ou des primes. Certaines conventions fixent par exemple des règles de maintien partiel de salaire même pour des absences non justifiées, ou des règles particulières pour la réduction ou la suppression de primes liées à l’assiduité.

La convention collective peut aussi imposer des délais d’information particuliers, des formalités propres aux absences injustifiées, ou encore des possibilités de compensation spécifiques. Sans appliquer ces règles conventionnelles, l’employeur s’expose à un risque juridique en cas de litige. La mention précise de la convention collective applicable est par ailleurs obligatoire sur le bulletin de paie, ce qui permet au salarié de vérifier les règles qui s’appliquent à lui.

4. Calcul et application de la retenue sur salaire


Le cœur de la gestion en paie consiste à opérer une retenue sur salaire proportionnelle à la durée de l’absence non travaillée. En principe, le Code du travail applique le principe du service fait, selon lequel le salaire est la contrepartie du travail effectué : pas de travail, pas de salaire. Pour un salarié mensualisé, ce calcul se fait généralement en décomposant le salaire mensuel brut selon les heures théoriques du mois (par exemple, salaire / 151,67 heures) puis en multipliant ce taux horaire par le nombre d’heures d’absence. Il est également possible de calculer la retenue à partir de jours ouvrés — par exemple, salaire/21,67 puis en multipliant ce taux horaire par le nombre de jours ouvrés d’absences.

Le calcul peut être plus complexe lorsque les horaires sont irréguliers, lorsqu’il s’agit de fractions d’heures ou si des primes variables sont concernées. Dans tous les cas, la règle est la proportionnalité : la retenue doit correspondre exactement au temps non travaillé sans dépasser la rémunération due.

5. Présentation sur le bulletin de paie


Une fois la retenue calculée, elle doit être affichée sur le bulletin de paie en toute transparence. La législation impose que soit clairement mentionnée la base du calcul (nombre d’heures ou jours d’absence), ainsi que le mode de retenue utilisé. Quel que soit le motif (absences injustifiées, grève, etc.), il est recommandé d’utiliser un libellé neutre comme « Absence non rémunérée » pour éviter toute mention stigmatisante ou sensible.

Si l’absence injustifiée est constatée après l’établissement de la paie, il est possible d’opérer la retenue sur le bulletin du mois suivant, en précisant qu’il s’agit d’une régularisation de la paie précédente, dans le respect des règles de calcul.

6. Incidences sur autres éléments de rémunération et droits


Outre la retenue sur salaire de base, une absence injustifiée peut avoir des répercussions sur d’autres dimensions de la rémunération. Les conventions collectives peuvent prévoir que certaines primes liées à l’assiduité ou au temps travaillé soient réduites ou supprimées si des absences non justifiées sont enregistrées. Ce traitement doit être conforme aux règles conventionnelles et ne peut pas être appliqué arbitrairement sans référence à une disposition explicite. De même, les absences injustifiées n’ouvrent pas droit à des indemnités, à des droits à congés ou à la validation de certaines périodes d’ancienneté — ces éléments doivent être traités au cas par cas, en fonction de la convention collective applicable.

7. Cohérence avec la procédure disciplinaire


Dans certains cas, les absences injustifiées répétées ou prolongées peuvent entraîner une procédure disciplinaire, pouvant aller de l’avertissement jusqu’au licenciement pour faute, lorsque les règles internes et conventionnelles le prévoient. Il est crucial que la logique entre le traitement en paie et la procédure disciplinaire soit cohérente : si une absence fait l’objet d’une sanction disciplinaire pour manquement aux obligations contractuelles, il serait incohérent de ne pas appliquer de retenue correspondante en paie, et inversement.

Conclusion


Le traitement des absences injustifiées en paie suppose une approche méthodique et documentée. Au-delà du simple calcul de la retenue, il s’agit de s’assurer que l’absence a été correctement qualifiée, que le salarié a été informé et que les règles conventionnelles applicables ont été appliquées à la lettre. Une gestion transparente et conforme protège l’employeur des risques de contentieux et garantit une paie juste et claire pour le salarié. En pratique, une coordination étroite entre le service RH, la paie et, le cas échéant, le service juridique de l’entreprise, est la clé d’un traitement efficace et conforme de ce type de situation.

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